Een nieuwe pandemie? Twee baanbrekende COVID-19-onderzoekers dood in een maand

Academia heeft niet echt de reputatie doorzeefd te worden met geweld en plotse onverklaarbare sterfgevallen. Maar op het hoogtepunt van de Covid-19-pandemie stuitten twee jonge baanbrekende onderzoekers uit hetzelfde obscure vakgebied op mysterieuze wijze.

Buiten academische kringen waren Dr. James Taylor en Dr. Bing Liu relatieve onbekenden. Binnen de wetenschappelijke gemeenschap hadden de twee echter iets bereikt als de status van rockster. En nu, binnen een periode van 30 dagen, zijn beide jonge mannen dood op een moment dat hun talenten het meest nodig zijn.

James Taylor, 1979-2020

Laten we eerst eens kijken naar het leven en werk van James Taylor, die op 2 april op 40-jarige leeftijd is overleden. Iedereen die hoopt meer te weten te komen over de doodsoorzaak van deze opmerkelijke man, zal teleurgesteld zijn; tot op heden is er geen informatie beschikbaar gemaakt voor het publiek.

“De doodsoorzaak van James is nog niet bekend, en gezien hoe overweldigend de medische professie in Baltimore is, zullen we het misschien nooit weten”, zei de website van Galaxy Project, waarbij hij het coronavirus gebruikte als excuus om niet dieper in te kunnen graven de dood van een collega. ‘Gezien hoe snel dit hem inhaalde, is het zeer onwaarschijnlijk dat het COVID-19 was.’

Zolang er geen aanvullende informatie over de doodsoorzaak bekend is, lijkt het redelijk om te vragen of Taylor betrokken was bij projecten of activiteiten die hem mogelijk tot een potentieel doelwit van vals spel hebben gemaakt. Een vluchtige blik op zijn Twitter-pagina geeft aan dat er vlak voor zijn voortijdige overlijden enkele gepassioneerde discussies waren die overweging vereisten. Voordat we echter op die discussies ingaan, zijn er een paar woorden over zijn professionele achtergrond nodig.

Volgens zijn overlijdensbericht op de Johns Hopkins University-website was Taylor ‘een pionier in computationele biologie en genomicsonderzoek’, die een belangrijke bijdrage heeft geleverd als ‘wetenschapper, leraar en collega’.

Het doorbraakmoment van Taylor in de wetenschappelijke gemeenschap kwam echter met de oprichting van Galaxy, een cloudgebaseerd systeem dat wordt beschreven als ‘de eerste uitgebreide bron voor gegevensanalyse in de biowetenschappen’. Volgens de website biedt Galaxy een open platform dat als doel heeft computationele biologie toegankelijk te maken voor wetenschappers, vooral degenen die betrokken zijn bij genomicsonderzoek, een belangrijk onderzoeksgebied als het gaat om de ontwikkeling van medicijnen en vaccins .

En op dit specifieke punt raakte Taylor enkele dagen voor zijn dood in debat. Op 19 maart stelde de onderzoeker een schijnbaar onschadelijke vraag op zijn Twitter-pagina: “Kunnen we praten over het delen van genomische gegevens voor # covid19 # SARSCoV2-onderzoek?”

Can we talk about genomic data sharing for #covid19 #SARSCoV2 research?

— James Taylor (@jxtx) March 19, 2020

Afgaande op de feedback bleek de vraag een beladen vraag te zijn. Taylor’s vraag onthulde de frustratie die werd gevoeld door andere onderzoeksgroepen, zoals NCBI en Nextstrain, die probeerden de genomische kenmerken van Covid-19 te achterhalen, maar op hindernissen stuitten. Taylor’s collega’s, Anton Nekrutenko en Sergei Kosakovsky Pond, uitten soortgelijke zorgen over die wegversperringen een maand eerder in een paper getiteld: ‘Geen business as usual meer: ​​behendige en effectieve reacties op opkomende pathogene bedreigingen vereisen open data en open analyse.’

“De huidige toestand van een groot deel van het onderzoek naar het Wuhan-longontstekingsvirus (COVID-19) laat een betreurenswaardig gebrek aan gegevensuitwisseling en aanzienlijke analytische verduistering zien”, schreven Nekrutenko en Kosakovsky Pond. “Dit belemmert de wereldwijde samenwerking op het gebied van onderzoek, die essentieel is voor het aanpakken van noodsituaties op het gebied van de volksgezondheid, en vereist ongehinderde toegang tot gegevens, analyse-instrumenten en computerinfrastructuur.”

Hier is het bewijs van iets dat veel mensen al lang vermoeden over de wereld van de academische wereld: het is meedogenloos en egoïstisch net zo goed als elk winstgevend bedrijf. Niet alleen beschermen academici hun werk fel, wat volkomen begrijpelijk is, ze zijn ook niet blind voor het potentieel aan financieel gewin dat hun werk oplevert. Maar ik dwaal af.

This data should be on ENA or SRA without any restrictions! #FAIR https://t.co/5ige3Q27fH

— Björn Grüning (@bjoerngruening) March 26, 2020

Afgaande op zijn activiteit op sociale media, lijkt het erop dat James Taylor’s belangrijkste rundvlees was met GISAID , een in Duitsland gevestigd platform dat staat voor Global Initiative on Sharing All Influenza Data. Deze particuliere en openbare organisatie, die ook samenwerkt met de regeringen van Singapore en de Verenigde Staten, heeft veel van de genoomgegevens voor veel ziekten, waaronder die van Covid-19, verzameld, informatie die van cruciaal belang zou zijn bij de ontwikkeling van medicijnen en vaccins.

In een follow-up tweet klaagde Taylor dat GISAID “veel meer gegevens heeft … maar zware beperkingen op het gebruik en delen van gegevens, met name het delen van sequentiegegevens niet toestaat.” Dit werd gevolgd door de opmerking dat GISAID’s beperkingen op het gebruik van zijn gegevens “een echte belemmering vormen voor snelle, gezamenlijke gegevensanalyse, inclusief onze inspanningen om transparante, herbruikbare en reproduceerbare analysepijplijnen te maken voor analyse van uitbraken.”

Tegelijkertijd werd Taylor kastijden GISAID voor zogenaamd niet te delen zijn sequentie gegevens over Covid-19, GISAID is trots op haar website over haar transparantie. Dus waar is de waarheid? Afgaande op de opmerkingen op de Twitter-feed van James Taylor, lijkt het erop dat GISAID niet volledig bekend was met zijn gegevens.

Dave O’Connor, bijvoorbeeld, een viroloog aan de Universiteit van Washington (Madison), merkte op Taylor’s Twitter-thread op: ‘Ik betwijfel of veel of geen mensen die gegevens hebben bijgedragen aan GISAID, dit deden met de bedoeling dat het werd verzwegen . ‘

Dr. Melissa A. Wilson, een vooraanstaande evolutionaire en computationele bioloog van de Arizona State University, uitte ook zijn ongenoegen over het niet delen van kritische genoomgegevens die kunnen helpen bij het ontdekken van een remedie voor Covid-19.

In haar tweet van 23 maart stelde Wilson een vraag aan Taylor met de vraag: “Waar slaan we gegevens op zodat ze toegankelijk zijn?”

US needs this kind of effort. ASU + other institutions have tests, but:

1. Who is sequencing #COVID19? (@baym?)
2. Where are we storing data so it is accessible? (@jxtx?)

Can collect answers here: https://t.co/P7eAAMNyFd

Will happily amplify other efforts. https://t.co/lfdhACLVw9

— Melissa A. Wilson (@sexchrlab) March 23, 2020

Op dit punt vraagt ​​de lezer misschien: ‘Ok, dus wat. Welke betekenis heeft het voor een groep onderzoekers die moeite hebben om toegang te krijgen tot de genoomstructuur van het coronavirus? ‘ Het probleem is dat dit het verschil kan betekenen tussen het kunnen ontwikkelen van een vaccin voor de ziekte en niet.

Hier moet worden vermeld dat Johns Hopkins University op 18 oktober 2019, samen met het World Economic Forum en de Bill and Melinda Gates Foundation, Event 201 organiseerde , een oefening op hoog niveau die zich voorstelde hoe de publieke en private sector zouden coördineren in het geval van een pandemie. De gebeurtenis weerspiegelde de uitbraak van Covid-19 slechts twee maanden later zo nauw dat Johns Hopkins een verklaring uitbracht waarin hij ontkende dat het een “voorspelling” over de pandemie had gedaan.

Bovendien lijkt Johns Hopkins, met betrekking tot de productie van vaccins ter bestrijding van Covid-19, een fervent voorstander.

“Ik kan me voorstellen dat we gaan een massale vaccinatie programma gaat in de plaats te krijgen,” onthulde Andrew Pekosz, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health Professor, in een interview met Bloomberg. ‘De vaccins die momenteel aan de leiding zijn … zijn die die via injectie worden gegeven.

“Het lijkt erop dat vaccins hier de game-wisselaar zullen zijn …”

De vraag die gesteld moet worden is of James Taylor op de een of andere manier werkte aan cross-doeleinden met andere organisaties die bijvoorbeeld in de race zijn om een ​​vaccin tegen Covid-19 te ontwikkelen. Of stierf de 40-jarige bekende onderzoeker als een natuurlijke dood op het moment dat de zoektocht naar een vaccin tegen het coronavirus de centrale focus was geworden voor onderzoekers, farmaceutische bedrijven en zijn zeer alma mater?

Dr. Bing Liu, 1982-2020

Op 2 mei werd Liu, een 37-jarige assistent-professor aan de University of Pittsburgh School of Medicine (UPSM), dood aangetroffen met meerdere schotwonden in zijn herenhuis in een chique buitenwijk van Pittsburgh. Een ander slachtoffer, geïdentificeerd als Hao Gu, werd dood aangetroffen in zijn auto in de buurt van Liu’s huis, met een door de politie toegebrachte schotwond aan het hoofd.

Slechts vier dagen na de dubbele moord zei Ross Township Police dat ze van mening waren dat de schijnbare zelfmoordaanslag het resultaat was van een ‘langdurig geschil over een intieme partner’.

“We hebben geen enkel bewijs gevonden dat deze tragische gebeurtenis iets te maken heeft met de werkgelegenheid aan de University of Pittsburgh, met elk werk dat wordt uitgevoerd aan de University of Pittsburgh en de huidige gezondheidscrisis die de Verenigde Staten en de wereld treft”, zei rechercheur Sgt. Brian Kohlhepp.

Wat deze zaak bijzonder overtuigend maakt, is dat, volgens een hommagepagina op de UPSM-website, “Bing op het punt stond zeer significante bevindingen te doen om de cellulaire mechanismen te begrijpen die ten grondslag liggen aan de SARS-CoV-2-infectie en de cellulaire basis van het volgende complicaties. ‘

Het andere opmerkelijke detail is hoe nauw de academische cv’s van Bing Liu en James Taylor op elkaar waren afgestemd. Beide academici waren betrokken bij het obscure veld van computationele systeembiologie, evenals machine-learningtechnieken om het gedrag van biologische soorten beter te voorspellen.

De levens van de twee academici kruisten elkaar vanwege hun onderlinge verbondenheid met de prestigieuze Carnegie Mellon University, ook gevestigd in Pittsburgh. Daar werkte Liu als postdoctoraal onderzoeker bij de afdeling informatica, terwijl Taylor daar seminars hield over zijn Galaxy-programma. Als Taylor toevallig niet bekend was met het productieve academische werk van Liu, zou dat waarschijnlijk zijn veranderd nadat Liu’s zogenaamd baanbrekende onderzoek naar de Covid-19 was vrijgegeven. Dat magische moment zou natuurlijk niet het gevolg zijn van Liu’s voorbarige en zeer tragische dood.

Met betrekking tot de vermeende zelfmoordaanslag zijn de details vaag. Ten eerste, de mainstream media is portretteert de moord als het resultaat van een “langdurige geschil over een intieme partner.” Toch meldden lokale media dat Liu en zijn vrouw geen kinderen hadden en meestal voor zichzelf bleven. Dat betekent natuurlijk niet dat de twee mannen niet streden om de genegenheid van een andere vrouw. Nu de getrouwde Liu op het punt staat een grote doorbraak te maken op het gebied van het coronavirus, lijkt het erop dat hij heel weinig tijd zou hebben voor ‘buitenschoolse activiteiten’.

Het blijft hoe dan ook onduidelijk hoe de twee mannen elkaar kenden, terwijl een mogelijk motief voor de moord ook een mysterie blijft, meldde de Post-Gazette . Buren hebben geen melding gemaakt van het horen van geweerschoten ten tijde van de moorden.

Ten slotte zijn er problemen met de keuze van een moordwapen, in dit geval een vuurwapen. Aangezien zowel Liu als zijn vermeende moordenaar geen Amerikaanse burgers waren, roept dit de vraag op hoe Hao Gu een vuurwapen kon verwerven. Het is illegaal – maar zeker niet onmogelijk – voor niet-staatsburgers om vuurwapens te kopen in de Verenigde Staten.

Dus wat ons rest, in een tijd waarin de wereld wanhopig op zoek is naar een manier om Covid-19 te bestrijden, is de erfenis van twee baanbrekende onderzoekers die beiden werkten aan manieren om de ziekte beter te begrijpen. Hoewel we misschien nooit het waargebeurde verhaal achter de vroegtijdige dood van elke man zullen kennen, moet de kans dat twee gerenommeerde onderzoekers – met bijna identieke professionele achtergronden – een maand na elkaar sterven op een moment dat beiden vooruitgang boekten tegen de pandemie zeker veel minder dan de kansen van iemand die werkelijk bezwijkt aan Covid-19. De dood van Bing Liu en James Taylor verdient veel meer aandacht door de reguliere media.